Tiền thân Công ty CP Vận tải Xăng dầu VIPCO là Công ty Vận tải Xăng dầu Đường thủy I, trực thuộc Tổng công ty Xăng dầu Việt Nam. Công ty có trụ sở đặt tại  37 Phan Bội Châu, quận Hồng Bàng, TP. Hải Phòng. 

Trải qua 25 năm hình thành và phát triển, Công ty Vận tải Xăng dầu Đường thủy I đã vượt qua muôn vàn khó khăn, thách thức đặc biệt là thời kỳ xóa bỏ cơ chế tập trung quan liêu bao cấp (1987 - 1994) chuyển sang cơ chế thị trường. Ngoài kinh doanh vận tải, công ty mở thêm dịch vụ đóng mới và sửa chữa tàu thuỷ, dịch vụ cung ứng xăng dầu trên sông biển, đại lý tàu biển và cung ứng thuyền viên.

Từ năm1995 đến năm 2005, Công ty đã tập trung hiện đại hóa và trẻ hóa đội tàu biển, nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ nhân viên, đặc biệt là sỹ quan thuyền viên tàu biển. Năm 2000, công ty đã tiến hành cổ phần hóa xí nghiệp Hồng Hà thành công ty CP vận tải và dịch vụ Petrolimex Hải Phòng (PTS Hải Phòng) với ngành nghề kinhdoanh chính là vận tải xăng dầu đường thủy và đóng mới, sửa chữa tàu thủy.

Từ năm 2001 - 2005, công ty đã mở thêm ngành nghề kinh doanh bất động sản và hình thành dự án Cảng hóa dầu và Container VIPCO. Công ty đã đi đầu trong việc thực hiện Bộ luật An toàn quốc tế và An ninh quốc tế tàu và cảng biển, là một trong 3 chủ tàu đầu tiên của Việt Nam được cấp giấy chứng nhận An toàn quốc tế (DOC và SMC), là chủ tài đầu tiên của Việt Nam được cấp giấy chứng nhận An ninh Quốc tế (ISPS).

Ngày 02/12/2005, Đại hội đồng cổ đông thành lập Công ty CP Vận tải Xăng dầu VIPCO được tổ chức. Ngày 26/12/2005, Công ty CP Vận tải Xăng dầu VIPCO chính thức được thành lập. Ngày 1/1/2006, Công ty chính thức hoạt động với số vốn điều lệ là 351 tỷ đồng, trong đó Tổng công ty Xăng dầu Việt Nam nắm giữ 51%.